NGS 기반 PRRSV 혼합 감염 균주 감지 정확도 평가

Iowa State University 연구팀이 돼지에서 흔한 PRRSV-2 다중 감염의 진단 정확도를 높이기 위해 NGS(차세대염기서열분석)의 균주 감지 능력을 평가하였다. 9개 PRRSV-2 바이러스(3개 야생형, 6개 백신)를 다양한 비율로 혼합한 78개 샘플을 분석한 결과, 전체의 89.7%에서 정확한 균주 구성을 확인하였다. 10% 농도의 바이러스도 95.8%에서 감지되었으며, viral load가 낮아질수록 nucleot identity 임계값을 98%에서 96%로 낮추어야 정확한 균주 할당이 가능하였다. 그러나 4개 이상 균주가 포함된 샘플의 75%(6/8)에서 감지 실패가 발생하였고, 2개 이상 야생형이 존재할 때 MLV vaccine이 감지되지 않는 경우도 있었다. 이 연구는 NGS 결과 해석 시 혼합 감염의 복잡성을 고려해야 함을 시사한다.